Kết luận tại cuộc họp về việc lập kế hoạch đầu tư công trung hạn 5 năm 2016 – 2020, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng chỉ đạo giai đoạn 2016 - 2020, chỉ triển khai thực hiện 2 chương trình mục tiêu quốc gia (Giảm nghèo bền vững và Xây dựng nông thôn mới) để tạo điều kiện cho bộ, cơ quan, địa phương chủ động lồng ghép, quản lý và sử dụng vốn hiệu quả hơn, hạn chế dàn trải, trùng lắp.
Thủ tướng nêu rõ, về nguyên tắc, không cắt giảm các nhiệm vụ chi cần thiết đang thực hiện của 16 chương trình mục tiêu quốc gia hiện nay; các bộ, cơ quan Trung ương phụ trách 14 chương trình mục tiêu quốc gia còn lại phối hợp với Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn rà soát, lồng ghép các mục tiêu, nhiệm vụ có liên quan đến giảm nghèo vào Chương trình mục tiêu quốc gia giảm nghèo bền vững; các mục tiêu, nhiệm vụ liên quan đến xây dựng nông thôn mới vào Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới.
Thủ tướng giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính rà soát đưa các nhiệm vụ chi cần thiết đang thực hiện không trùng với 2 chương trình mục tiêu quốc gia triển khai giai đoạn 2016-2020 vào các chương trình mục tiêu hoặc bố trí trong nhiệm vụ thường xuyên của Bộ, cơ quan Trung ương và địa phương để thực hiện. Đồng thời, chủ trì, phối hợp các Bộ, cơ quan Trung ương rà soát, điều chỉnh theo hướng thu hẹp số lượng chương trình mục tiêu trong giai đoạn 2016 - 2020 trên cơ sở lồng ghép các chương trình có mục tiêu nhiệm vụ tương tự nhau, theo đúng Chỉ thị số 23/CT-TTg ngày 5/8/2014 của Thủ tướng Chính phủ.
Thủ tướng cũng giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan xây dựng nguyên tắc, tiêu chí phân bổ vốn ngân sách trung ương hỗ trợ có mục tiêu cho các địa phương, trong đó trung ương tập trung hỗ trợ các công trình lớn, trọng điểm, có tính lan tỏa, chủ yếu là các dự án hạ tầng có tính liên tỉnh, liên vùng. Nguyên tắc, tiêu chí và mức hỗ trợ sẽ được công khai báo cáo các cấp có thẩm quyền quyết định.
Để bảo đảm bố trí vốn ngân sách trung ương tập trung, hiệu quả, Thủ tướng nêu rõ, ngân sách trung ương chỉ hỗ trợ cho các dự án khởi công mới giai đoạn 2016 - 2020 từ nhóm B trở lên; trừ trường hợp đặc biệt, Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định. Đối với các chương trình mục tiêu mà hầu hết là các dự án nhỏ yêu cầu chuyển vào nhiệm vụ cân đối ngân sách địa phương để thực hiện.
Về cơ chế hỗ trợ dự án cụ thể, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng chỉ đạo: Đối với các dự án khởi công mới giai đoạn 2016 - 2020 được trung ương hỗ trợ: bố trí 100% vốn từ nguồn ngân sách trung ương. Đối với các dự án dở dang đã được hỗ trợ từ nguồn ngân sách trung ương trong giai đoạn 2011-2015: tiếp tục hỗ trợ theo tỷ lệ cũ đã được thẩm định, không phân biệt quy mô dự án, cho đến khi hoàn thành; không áp dụng cơ chế mới về quy mô và tỷ lệ hỗ trợ 100% từ ngân sách trung ương nêu trên.
Bên cạnh đó, Thủ tướng giao Bộ Tài chính căn cứ vào tình hình kinh tế vĩ mô, tăng trưởng kinh tế, nợ công, để dự kiến mức vốn trái phiếu Chính phủ phát hành thêm trong 5 năm 2016 - 2020, bảo đảm nguyên tắc hiệu quả, trả được nợ, an toàn nợ công và an ninh tài chính quốc gia theo quy định; trên cơ sở đó, Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp các cơ quan liên quan dự kiến danh mục dự án đầu tư từ nguồn vốn trái phiếu Chính phủ giai đoạn 2016 - 2020; báo cáo Thủ tướng Chính phủ.